相真人投注数据库PhaSepDB的介绍
栏目:最新研究动态 发布时间:2020-09-18
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    相真人投注是最近两年非常火的领域,尚处于起步阶段,发表文献影响因子也比较高,也是NATURE,SCIENCE,CELL等高分期刊杂志上的常客。国自然相真人投注中标项目非常少,具有良好的研究前景。

    蛋白质液-液相真人投注(LLPS),是细胞内众多无膜细胞器和生物分子凝聚体动态组装的主要驱动力。鉴定相真人投注蛋白需要多种实验,其中,体外重构相真人投注实验通过严格控制各种条件,可以更方便地研究相真人投注现象;而细胞内,尤其是生理条件下相真人投注现象的鉴别检测,对于研究相真人投注蛋白的生物学功能不可或缺。近年来,围绕相真人投注的研究不断涌现,发现了各种新的相真人投注相关蛋白,涉及到许多重要的生物学过程。但是,领域内却缺乏系统性整合体内外实验验证的相真人投注相关蛋白数据库。

    今天我们来讲一下北京大学基础医学院医学生物信息学系李婷婷研究组、清华大学陈阳研究组、欧洲生物信息研究所Henning Hermjakob研究组在Nucleic AcidsResearch(IF=11.501)杂志上在线发表文章“PhaSepDB: adatabase of liquid–liquid phase separation related proteins”。该文章发布了目前包含体内外实验验证的液-液相真人投注相关蛋白质数据库PhaSepDB(http://db.phasep.pro/),为进一步研究体内外蛋白质液-液相真人投注形成机制、蛋白特征以及在病理过程中潜在作用提供数据支持。

    PhaSepDB数据库对近年来发表文献、Uniprot数据库内已有相真人投注相关蛋白 信息进行人工记录及整合,目前已收录2957个相关蛋白的4018条信息,2303个蛋白质(77.9%)位于不同的细胞器中, 661个蛋白质(22.1%)与已知细胞器不相关。该数据涵盖三十多种无膜细胞器,提供相真人投注相关蛋白介绍、蛋白物质状态、相关突变或疾病、对应文献内容、相真人投注相关序列特征分析以及免疫荧光图像。同时,网站提供基于无膜细胞器的图形化导航,并支持搜索以及下载相真人投注相关蛋白。

    进入网站界面是这样的,就是一个搜索界面,可以根据不用的蛋白ID进行搜索,还可以筛选数据来源,也可以下载数据资料。以FUS为例进行搜索,搜索结果如图,结果提供蛋白质名称、种属、分布、已发表该蛋白相真人投注的文章及功能,还包括参考文献具体说明,蛋白的生物信息学分析以及相真人投注的免疫荧光图像。

    当然数据库还支持数据下载,可以选择不同的数据类型,数据就以excel形式保存。

 


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