肠道菌群数据库——gutMEGA分享
栏目:最新研究动态 发布时间:2020-09-10
不知从何时起,“遇事不决,量子力学;机制难寻,肠道菌群”这句话开始广为流传,根据近十年的研究文章结果来看...

   不知从何时起,“遇事不决,量子力学;机制难寻,肠道菌群”这句话开始广为流传,根据近十年的研究文章结果来看,一直被人类忽视的肠道菌群的功能逐渐被大家认识到,成为影响宿主生命健康的重要变量,比如肿瘤的发生、免疫治疗的效果、抑郁症的治疗,都可以看到肠道菌群参与的身影。

   今天我们来讲一下肠道菌群数据库——gutMEGA,该数据库收集了迄今为止已发表的人类肠道微生物宏基因组数据。数据库由中山大学肿瘤防治中心的研究团队收集和建立,发表的文章题目为gutMEGA: a database of the human gut MEtaGenome Atlas,发表在牛津学术旗下的Briefings in Bioinformatics期刊(影响因子8.99,中科院分区一区)。数据库网址:http://gutmega.omicsbio.info/

   论文的主要内容我就不介绍了,主要讲一下数据库使用。进入主页后网页是这个样子。根据网站介绍,数据库共收集了6457个分类单元的59132个定量事件,共有776个不同条件,涉及7个不同水平(界、门、纲、目、科、属、种)。

   我们以克罗恩病为例进行(Condition)检索。检索结果是这样的,我们可以在Condition下面看到有24个词条选项,例如克罗恩病及正常对照,克罗恩病及溃疡性结肠炎等。可以在Log2Ratio里选择过滤条件。

   点击Detail中的“+”会出现以下界面,可以查看详细信息如下,包括这样研究来源PMID,研究所在地(数据库里还有比较不同国家之间肠道菌群差异)、测序方法和平台以及样本数等等,右边的世界地图可以让人直观的感受。并且网页中还有菌群在两个组别中的相对丰度差异结果。

   也可以点击Download下载数据,会得到输入的搜索条件下所有的结果,也方便大家进行手动检索。

   网站还有浏览模块(Browse),提供了一个逐项展示的界面供大家浏览肠道微生物。当方块为绿色时,点击会展示其结果。当方块为灰色时,表示其下还有子选项,会有新的下级选项。

   Condition这一栏,展示的是不同实验条件下的比较,例如寻常痤疮患者VS正常人。这个数据库包含的数据可不只有肿瘤,只要是已经发表了的研究,就有收集整理。

   数据库还可以针对样本进行筛选。

   网站还有搜索模块(SEARCH),与常见的网站一样可以搜索自己感兴趣的方向。

   今天的介绍就到这里,赶快自己挖掘想要的数据吧。


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