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栏目:最新研究动态 发布时间:2020-07-15
lncRNA是一类长链(>200nt)非编码RNA,作用范围广泛且机制复杂。lncRNA...

    lncRNA是一类长链(>200nt)非编码RNA,作用范围广泛且机制复杂。lncRNA不但可以与DNA、RNA结合行使功能,还可以与蛋白结合参与染色质表观修饰。目前,RIP、CLIP、fRIP等可用于染色质与RNA互作的研究,但是这些方法无法揭示哪些染色质与特定lncRNA相关,这也就限制lncRNA调控功能的研究。
    最近发表于
《Genome Biology》PIRCh-seq恰好解决了这一问题。该方法能够对组蛋白特定修饰下的染色质相关RNA进行分析。研究人员采用该方法已鉴定出数百种与染色质相关的RNA,分析后发现lncRNA在这些RNA中占多数,并根据其与特定组蛋白修饰的关联模式进行了分组。
    PIRCh-seq具体方法如下图所示:

    首先,采用glutaraldehyde处理活细胞进行化学交联,然后用甘氨酸淬灭(这一步是为防止染色质相关RNA的降解)。
    随后,提取染色质,超声破碎获得300-2000bp的片断,使用组蛋白修饰特异性抗体进行免疫沉淀。
    最后,除去残留的DNA、蛋白质,对RNA进行深度测序。
    研究者采用该方法对人、小鼠染色质相关RNA进行了研究,结果表明,非编码RNA尤其是lncRNA在染色质上富集。


    对富集的lncRNA按功能进行分类,可分为以下六类,但具体功能仍未明确:

    希望这一技术能够为染色质-RNA互作机制的研究注入新的力量。

 


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