单真人投注平台测序鉴定免疫反应的异质性
栏目:最新研究动态 发布时间:2019-10-15
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世界上没有两片相同的树叶,对于多真人投注平台生物而言,其真人投注平台与真人投注平台之间也存在着差异,且不同群体真人投注平台间的差异不一。这种差异不仅体现在形态上,也体现在遗传信息上,例如基因组信息、基因表达水平等。单真人投注平台生物学是近几年非常热门的话题,在这一领域中,最值得一提是大规模单真人投注平台测序(Single-cell sequencing)技术,能独立地提供每个真人投注平台的DNA或RNA表达谱,并鉴定异质真人投注平台群中的稀有真人投注平台。今天小编就给大家分享一篇近期发表在nature communications上面的关于单真人投注平台测序在免疫方面应用的文献。


技术路线:

说明: C:\Users\Administrator\Desktop\新建 Microsoft PowerPoint 演示文稿.tif


研究成果:
1.TAK-003可产生强效持久的真人投注平台免疫
流式真人投注平台术评估了55个人在TAK-003免疫后第0、14、28、120天的T真人投注平台活化程度,发现在接种后第28天时CD8+T活化(通过CD38 / HLA-DR上调评估)达到峰值,并在第120天返回基线水平。观察到CD4+ T活化峰值为疫苗接种后第14天,但此时CD8 + T无产生IFN-γ功能


2.鉴定抗原特异性CD8 +记忆T真人投注平台
利用单真人投注平台RNA测序跟踪来自急性激活时间点和记忆时间的TAK-003反应性CD8 + T的克隆/收缩。IFN-γELISPOT分析TAK-003给药后第120天的PBMC样品,其表现出强偏向NS1(蛋白质非结构域)和NS3的记忆T真人投注平台反应。NS1或NS2反应性记忆CD8 + T早期激活标志物CD25和CD69上调,流式真人投注平台术分选CD8 + CD25 + CD69 + T,并进行单真人投注平台RNA测序分析,疫苗接种后第120天NS1-和NS3-反应性记忆CD8 + T真人投注平台表现出TCR克隆型多样性。


3.TAK-003刺激的CD8 + T真人投注平台的特征
评估CD8 + CD38 + HLA-DR + T真人投注平台的表达谱,揭示四个统计学不同的群体。与效应CD8 + T相关的基因GZMA、GZMB和PRF1等显著富集于Cluster1中,静息和naïve T相关的转录基因如CCR7、MAL和TCF7等在Cluster2、Cluster3中富集,与真人投注平台代谢、增殖和真人投注平台周期有关基因如TYMS,IDH2和GAPDH在Cluster1中富集。在接种120天后的1003个CD38 + HLA-DR + CD8 + T真人投注平台中,14.5%的真人投注平台表达NS1-和NS3-反应性记忆真人投注平台的TCRs。表达克隆TCR的真人投注平台优先富集在Cluster1


4. 活化多克隆T真人投注平台调节真人投注平台代谢
体外刺激,CD4 +和CD8 + T真人投注平台显示出激活标记分子上调,TCR刺激后TfR1和CD98的表达持续增,2-NBDG和BODIPY FLC16摄取增加。


5. 活化克隆T真人投注平台调节真人投注平台代谢
病毒 - 抗原刺激的CD8 + T的片段能观察到显著的供体 - 供体变异性,具有最丰富的CD8 + T活化响应于CMV肽刺激。除了上调CD69和CD25的表达,CD98 、TfR1的表达增加,对CD8 + T对BODIPY FLC16的摄取增加。 hCMV、腺病毒或流感内, (CD25 / CD69的上调与TfR1、CD98的表达或摄取 BODIPY FL-C16增加。有很大程度的相关性。


6.体内T真人投注平台活化调节真人投注平台代谢
TfR1 / CD98表达以及BODIPY FL-C16和2-NBDG摄取,用于鉴定体外抗原特异性激活的T真人投注平台的功能表征。为确定这些标记是否可以用于剖析体内激活的疫苗反应性T真人投注平台的功能异质性,比较了常规活化标记物CD38 / HLADR的表达和真人投注平台摄取2-NBDG和BODIPY FL-C16的能力,和代谢转运蛋白TfR1和CD98的上调。TAK-003给药引起强效CD8 + T 应答,第28天达到峰值。与单真人投注平台RNA测序表型一致,2-NBDG和BODIPY FL-C16摄取均显着增加。HLA-DR阳性中CD8 + T上调表达TfR1和CD98。


7.TfR1表达与效应/记忆潜能相关
为研究TfR1在体内活化的CD8 + T真人投注平台表面表达的差异是否可用于确定它们的效应/记忆潜力,利用单真人投注平台RNA测序来评估TAK-003给药14天后记忆前体CD8 + T克隆型的相对丰富。在接种TAK-003 14天后,分选出先前单真人投注平台测序中使用的同一个体的TfR1 + HLA-DR + CD8 + T 并进行测序分析,117个人的TAK-003反应真人投注平台具有80种独特的TCR克隆,其中有31和24个NS1-和NS3-反应性记忆前体真人投注平台。只有一部分CD38 + HLA-DR +CD8 + T在TAK-003刺激后14天表达TfR1, TfR1表达与真人投注平台增殖标记(Ki67)、真人投注平台溶解功能(Granzyme B)和效应/记忆谱系(EOMES)存在相关


总结:
单真人投注平台测序技术不仅应用于免疫相关研究,在肿瘤等各领域也应用广泛,单真人投注平台测序正在成为科研热点。

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