单真人投注平台测序首次揭示老年Neurogenic Niche的T真人投注平台浸润
栏目:最新研究动态 发布时间:2019-08-16
在衰老过程中,各类组织的功能衰退是众所周知的事情。但这个过程中组织内的真人投注平台组成变化却鲜为人知......

单真人投注平台转录组测序技术发展迅速,在各个研究领域尤其是在发育、免疫和肿瘤方面的应用广泛,相关高水平文章也层出不穷。这里小编给大家分享一篇最近发表在Nature上的一篇关于在神经源龛(neurogenic niche)在衰老过程中运用单真人投注平台测序技术检测其复杂真人投注平台组成变化的文章(DOI: 10.1038/s41586-019-1362-5)。

在衰老过程中,各类组织的功能衰退是众所周知的事情。但这个过程中组织内的真人投注平台组成变化却鲜为人知。作者提出这一问题后,选取了脑室下区(subventricular zone, SVZ) neurogenic niche部位为研究对象。这里是神经形成的地方,而且真人投注平台类型众多,在衰老过程中功能逐渐衰退。下面是文章的技术路线。

                                                                       图1 单真人投注平台测序揭示老年neurogenic niches中真人投注平台组成变化并鉴定增加的T真人投注平台类群
 作者首先对3只3个月和3只28-29个月的小鼠该部位进行灌流后取材,流式分选去除破碎真人投注平台后使用10X Genomics Chromium platform进行单真人投注平台测序。他们得到了14,685个高质量的单真人投注平台转录组数据。通过t-SNE分析,两组样品中一共发现了11种不同的真人投注平台类型(星形胶质真人投注平台、静息神经干真人投注平台、活化神经干真人投注平台、神经祖真人投注平台、成神经真人投注平台、神经元、少突真人投注平台祖真人投注平台、少突真人投注平台、内皮真人投注平台、周皮真人投注平台、小胶质真人投注平台、巨噬真人投注平台和T真人投注平台)。(图1 a)通过两组样品间比较,作者发现活化神经干真人投注平台和神经祖真人投注平台类群数量在老年组中显著减少;这与之前报道的结果一致。同时,他们发现T真人投注平台类群基本只在老年组小鼠中出现(图1 b)。接下来作者对这些增加的T真人投注平台进行深入研究。
作者首先通过CD3的免疫荧光染色检测了T真人投注平台在该组织中的定位。通过与CD31(内皮真人投注平台)、SOX2(神经干真人投注平台)、Ki-67(增殖真人投注平台)共染发现这些T真人投注平台没有分布在血管中,而是在脑实质中,并且更靠近神经干真人投注平台(图1 e)。那么这些T真人投注平台的分子标志是怎样的呢?流式和测序结果分析发现这些真人投注平台属于CD3+CD8+CD4 T真人投注平台(图1 j),而且也表达CD44、Itgal、CD69和IFN-γ等(图1 i)。为了验证在人和小鼠中是否有同样的现象,作者在人脑切片样品中通过免疫组化检测了CD3和CD8的表达,发现老年人脑中对应的T真人投注平台也显著多于年轻人(图1 l m)。

                                                                                                            图2 单真人投注平台测序和巢式PCR鉴定血液和脑中T真人投注平台的克隆差异
  那么脑中出现的T真人投注平台来源于哪呢?是否是因衰老过程中血脑屏障功能减弱而从血液中被动扩散而来呢?作者对老年小鼠血液中的CD8+T真人投注平台和neurogenic niches中的T真人投注平台进行了Smart-seq V4单真人投注平台测序和TCR Nested PCR。结果发现同一老年小鼠血液和脑中的CD8+T真人投注平台类群差异很大(图2 a),例如neurogenic niches中的T真人投注平台高表达IFN-γ和PD-1(图2 b)。而TCR-β的序列分析显示它们多数经克隆扩增而来,但血液和neurogenic niches中T真人投注平台克隆并不相同(图2 f)。因此作者认为neurogenic niches中的T真人投注平台并不是血液中的T真人投注平台简单的被动扩散而来,有可能是识别了老年小鼠脑中的某种抗原。

                                                                                                             图3 Neurogenic niche有干扰素信号通路激活
      接下来,作者进一步研究了这个T真人投注平台类群对neurogenic niche的影响。有报道检测了干扰素对大脑发育和neurogenic niche的影响,但仍没有结果。作者根据单真人投注平台测序结果找出表达IFN-γ受体的真人投注平台类群(星形胶质真人投注平台、静息神经干真人投注平台、活化神经干真人投注平台、神经祖真人投注平台、内皮真人投注平台和小胶质真人投注平台),发现了在这些真人投注平台类群中IFN-γ通路相关基因的表达量更高(图3 a),而且在老年组中也显著高于年轻组(图3 f g h i)。通过数据分析并实验验证,作者找到BST2作为IFN-γ反应的分子标志。通过分选BST2阳性和阴性的真人投注平台分别进行常规转录组测序分析发现BST2阳性的真人投注平台富集的信号通路主要是干扰素反应通路,而BST2阴性的真人投注平台富集通路主要与真人投注平台周期相关(图4 b)。接下来,作者通过T真人投注平台和神经干真人投注平台的共培养验证了这一调节作用。T真人投注平台处理后的神经干真人投注平台BST2表达量显著上升,增殖能力也显著下降(图4 g h i)。

                                                                                                         图4 T真人投注平台通过IFN-γ信号通路抑制神经干真人投注平台增殖
      这是一篇通过单真人投注平台转录组测序发现新的真人投注平台类群并深入研究其功能的代表性文章,值得大家学习参考。其中真人投注平台类群检测采用了10X Genomics Chromium platform的方法,属于mRNA 3’端测序,商业化体系已非常完善;而另一种Smart-seq V4单真人投注平台测序则是针对全长mRNA。

我是混淆代码

如果您的浏览器未跳转,请点击此处进行游戏并领取优惠

技术支持 AI智能站群 luis888.vip@gmail.com