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栏目:最新研究动态 发布时间:2018-08-15
DNA m6A修饰是原核生物中最普遍的DNA修饰,但它是否存在于人的细胞中,以及其是否在人类疾病中发挥作用,仍是一个谜......

DNA m6A修饰是原核生物中最普遍的DNA修饰,但它是否存在于人的细胞中,以及其是否在人类疾病中发挥作用,仍是一个谜。作者通过PacBio单分子实时测序技术(SMRT)研究发现,m6A广泛存在于人类基因组中,尤其是在线粒体基因组中[2, 3]。作者鉴定到的881,240个m6A位点占腺嘌呤总数的0.051%。[G/C]AGG[C/T]是与m6A修饰相关的最显著的motif。m6A位点富集在编码区,在人类细胞中标记转录活跃基因。甲基转移酶N6AMT1和去甲基化酶ALKBH1分别介导了人类基因组中的DNA m6A修饰和N6-去甲基腺嘌呤修饰。伴随着N6AMT1下调和ALKBH1上调,m6A在肿瘤中的水平明显降低,促进肿瘤发生。因此,研究结果表明:DNA m6A修饰广泛存在于人类细胞中,而基因组中DNA m6A修饰的减少促进人类肿瘤的发生。

 

研究路线图:

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研究结果:

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图1 m6A位点在人类基因组上的分布。

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图2 AGG是m6A修饰最普遍的motif,外显子区域的m6A水平与转录活跃基因显著相关。

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图3 N6AMT1是人类DNA m6A甲基化的甲基转移酶,NPPY是N6AMT1的催化motif。

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图4 ALKBH1是人类DNA m6A去甲基化的去甲基化酶,D233是ALKBH1的催化motif。

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图5 较低的基因组DNA m6A水平与肿瘤患者的不良预后相关。

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图6 降低基因组m6A修饰水平促进肿瘤发生。

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图7增加基因组m6A修饰水平抑制肿瘤发生。

 

1.Xiao, C.L., et al., N(6)-Methyladenine DNA Modification in the Human Genome. Mol Cell, 2018. 71(2): p. 306-318 e7. (IF=14.248)

2.Flusberg, B.A., et al., Direct detection of DNA methylation during single-molecule, real-time sequencing. Nat Methods, 2010. 7(6): p. 461-5. (IF=26.919)

3.Ye, P., et al., MethSMRT: an integrative database for DNA N6-methyladenine and N4-methylcytosine generated by single-molecular real-time sequencing. Nucleic Acids Res, 2017. 45(D1): p. D85-D89. (IF=11.561) 


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